Η περιοχή του Σχινιά βρίσκεται στο ΒΑ τμήμα της Αττικής, 40 χλμ. από την Αθήνα, στην πεδιάδα του Μαραθώνα και περιστοιχίζεται από τους  χαμηλούς ορεινούς όγκους Καρούμπαλο, Πούντα και Δρακονέρα προς τα βορειο-ανατολικά. Το κεντρικό τμήμα του βιοτόπου καταλαμβάνει ο κάποτε εκτεταμένος βάλτος του Μαραθώνα, ο οποίος άρχισε να αποστραγγίζεται το 1923 μέσω δικτύου αποστραγγιστικών καναλιών. Στο βορειο-δυτικό άκρο βρίσκεται η υφάλμυρη Μακαρία πηγή, ενώ στο νοτιο-ανατολικό η αλμυρή λίμνη Στόμι. Η έντονα υφάλμυρη πηγή της Δρακονέρας που κάποτε υπήρχε στις υπώρειες του ομώνυμου λόφου έχει μικρές παροχές και μόνο την υγρή περίοδο του έτους. Μία αμμώδης παράκτια ζώνη εκτείνεται από ανατολικά προς τα δυτικά στο νότιο άκρο, ενώ η χερσόνησος της Κυνοσούρας αποτελεί το νοτιο-ανατολικό άκρο. Ένα αεροδρόμιο ελαφρών αεροσκαφών καταλάμβανε μέχρι πρόσφατα μία περιοχή 450 στρεμμάτων στο δυτικό τμήμα του υγροτόπου, ενώ μία στρατιωτική βάση τηλεπικοινωνιών των ΗΠΑ βρισκόταν σε λειτουργία για αρκετά χρόνια καταλαμβάνοντας συνολική έκταση 1000 στρεμμάτων περίπου στο κεντρικό τμήμα του υγροτόπου.

Η παραλιακή ζώνη του Σχινιά αποτελείται από αμμώδεις θινογενείς σχηματισμούς του τεταρτογενούς-Ολόκαινο. Στη συνέχεια, προς βορρά (προς στο έλος) εμφανίζονται αποθέσεις από ιλυοπηλώδη και αργιλλώδη υλικά ποικίλου πάχους , τα οποία  επικάθονται σε αμμώδεις σχηματισμούς της ίδιας όπως και παραπάνω γεωλογικής περιόδου. Στα ανατολικά, ο λοφώδης σχηματισμός του Μύτικα σχηματίζεται από σκληρούς ασβεστόλιθους (μάρμαρα) του ανωτέρου κρητιδικού, με πλευρικά κορήματα και κώνους κορημάτων κατά μικρές δόσεις.
         
Η περιοχή εντάσσεται στο γενικότερο γεωγραφικό χώρο της Αττικής, με τις συγκεκριμένες κλιματολογικές συνθήκες που ισχύουν στην περιοχή αυτή. Το κλίμα είναι μεσογειακό με κύριο χαρακτηριστικό το ξηρό και θερμό καλοκαίρι και τον ήπιο και βροχερό χειμώνα. Η ετήσια μέση θερμοκρασία του αέρα κυμαίνεται από 16,5°C έως 19°C. Ψυχρότερος μήνας είναι ο Ιανουάριος ενώ θερμότερος είναι ο Ιούλιος και ο Αύγουστος. Η μέση ετήσια βροχόπτωση είναι 378mm. H μέση σχετική υγρασία κυμαίνεται από 59% - 64%. Οι νεφοσκεπείς ημέρες είναι περίπου 50. Οι αίθριες ημέρες είναι κατά μέσο όρο 130 και η ηλιοφάνεια ανέρχεται σε 2.920 ώρες το χρόνο.

Πριν το 1923 οι παροχές των πηγών Μακαριάς και Δρακονέρας τροφοδοτούσαν τον υγρότοπο και κατέληγαν στη θάλασσα μέσω της λίμνης Στόμι, που σχηματιζόταν στο ανατολικό άκρο της περιοχής. Εκτιμάται ότι ο υγρότοπος δεχόταν κατά μέσο όρο 6-7 εκ. μ3 ετησίως από τη Μακαρία πηγή. Οι απορροές από την λεκάνη των έναντι ορεινών όγκων αποτελούσαν μία επιπλέον πηγή υδατικών πόρων για τον υγρότοπο. Προκειμένου να μετατραπεί το έλος σε καλλιεργήσιμη γη ένα αποστραγγιστικό κανάλι κατασκευάστηκε το 1923 στο δυτικό όριο της περιοχής, το οποίο οδηγούσε τα νερά της πηγής στη θάλασσα. Στη συνέχεια, ένα δίκτυο από αντιπλημμυρικά και αποστραγγιστικά κανάλια δημιουργήθηκε έναντι και εκτός του υγροτόπου που επίσης ως σκοπό είχε να οδηγεί τα ύδατα της άνω λεκάνης απορροής στη θάλασσα. Δευτερεύοντα αντιπλημμυρικά και αποστραγγιστικά κανάλια ενσωματώθηκαν στο δίκτυο κατά τις δεκαετίες του '60 και του 70, με σκοπό την προστασία των στρατιωτικών εγκαταστάσεων και του αεροδρομίου που είχαν κατασκευαστεί στο βάλτο. Σαν αποτέλεσμα των παραπάνω,η μόνιμη αλμυρή λίμνη Στόμι μετατράπηκε σε εποχιακή και ο υγρότοπος συρρικνώθηκε λόγω της ξηρασίας και της καταπάτησης της γης. Ο υγρότοπος κατακλυζόταν κατά τη διάρκεια των υγρών περιόδων και ξεραινόταν ξανά το καλοκαίρι. Είχε μία μεταβλητή αλατότητα, με γενικώς το αλμυρό και το υφάλμυρο νερό να επικρατούν στο μεγαλύτερο μέρος της περιοχής και το γλυκό ή ελαφρά υφάλμυρο να περιορίζεται κυρίως γύρω από τη Μακαριά πηγή και κατά μήκος του αποστραγγιστικού καναλιού του λόφου της Δρακονέρας και, κατά μικρότερο βαθμό, άλλων καναλιών. Το παραπάνω υδρολογικό καθεστώς και οι αλλαγές χρήσεων γης διαμόρφωσαν τους τύπους οικοτόπων που παρατηρούνται σήμερα και επηρέασαν την αμμώδη παράκτια ζώνη.
  
Το έργο του Ολυμπιακού  Κέντρου Κωπηλασίας-Κανό αποτελεί τμήμα μίας συνολικής παρέμβασης αποκατάστασης του βιοτόπου, κεντρική ιδέα της οποίας είναι η επαναδιοχέτευση των υδάτων της Μακαρίας πηγής στον υγρότοπο και ο επαναπλημμυρισμός του, καθώς και η δημιουργία μίας τεχνητής λίμνης στο δυτικό άκρο του, μέρος της οποίας θα χρησιμοποιείται ως στίβος κωπηλασίας. Το παραπάνω πρόγραμμα αποκατάστασης, μεταξύ άλλων, περιλαμβάνει την αποξήλωση του αεροδρομίου και του αεροδιαδρόμου του, την απομάκρυνση των εγκαταλειμμένων στρατιωτικών εγκαταστάσεων και την εξυγίανση του εδάφους που καταλαμβάνουν, καθώς και την κατάργηση ενός εκτενούς δικτύου βάσεων στήριξης κεραιών και δρόμων που κατακερματίζει τον βιότοπο και αποτελεί σημαντική πηγή όχλησης για την άγρια πανίδα του. Κατά συνέπεια, η παρούσα κατάσταση και ποιότητα των φυσικών τύπων οικοτόπων, όπως αυτή περιγράφεται στις φόρμες δεδομένων και καταγράφεται στους χάρτες πρόκειται να μεταβληθεί και να επαναδιαμορφωθεί στο άμεσο μέλλον, ως αποτέλεσμα του νέου υδρολογικού καθεστώτος και της επίδρασης που αυτό θα έχει στη βλάστηση, καθώς κι εξαιτίας της απομάκρυνσης ασύμβατων χρήσεων.
         
Στην παρούσα κατάσταση, τα αλόφυτα καταλαμβάνουν το κεντρικό και μεγαλύτερο τμήμα του υγροτόπου, γεγονός που αποτελεί άμεση απόρροια των αποστραγγιστικών έργων και των λοιπών ανθρωπογενών παρεμβάσεων στην περιοχή τα τελευταία 80 χρόνια. Οι αλοφυτικές φυτοκοινωνίες συχνά σχηματίζουν μωσαϊκά βλάστησης: Αρμυρόβαλτοι με Juncus (τύπος οικοτόπου 1410) και αλοφυτικοί θάμνοι αναμειγνύονται, αφήνοντας κατά τόπους περιοχές με αλόφιλες λόχμες (τύπος οικοτόπους 1420) κοντά στην λίμνη Στόμι, όπου η βλάστηση εγκαθίσταται πάνω σε ένα υπόβαθρο από αποσυντιθέμενα φύκια (κυρίως Posidonia oceanica). To Juncus maritimus είναι το επικρατέστερο είδος, ενώ άλλα χαρακτηριστικά είδη είναι τα Juncus heldreichianus, Limonium narbonense, Aster tripolium, Scirpoides holoshoenus, Scirpus littoralis, Bolboschoenus maritimus (=Scirpus maritimus), Puccinelia distans, Plantago crassifolia. Oι αλοφυτικοί θάμνοι είναι ο βασικός τύπος βλάστησης, κυριαρχούνται δε από Sarcocomia perennis (στα πιο χαμηλά) και Arthrocnemum macrostachyum (στα ψηλότερα, καλύτερα οξυγωνούμενα μέρη), ενώ άλλα είδη που συμμετέχουν είναι τα Puccinelia festuciformis, P. distans, Limonium narbonense, L. virgatum, L bellidifolium, Centaurium spicatum, Suaeda vera, Salsola soda, Atriplex portulacoides. Ετήσιες αλόφιλες πρωτογενείς κοινότητες (τύπος οικοτόπου 1310) με Cressa cretica αναπτύσσονται κατά μήκος ξηρών καναλιών και μερικές φορές σε κομμάτια με αυξημένη αλατότητα , που παραμένουν πλημμυρισμένα για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα. Άλλα είδη Saginetea (όπως τα Spergularia salina, Paraphons incurva, P. filiformis, Salsola soda) εμφανίζονται κατά τόπους, αν και σπανίως σχηματίζουν αντιπροσωπευτικές φυτοκοινωνίες. Το νέο υδρολογικό καθεστώς που  επικρατεί (λιγότερο αρμυρό νερό, ανύψωση στάθμης) αναμένεται να επιφέρει υποχώρηση αυτών των τύπων οικοτόπων, κυρίως των θαμνώνων.
         
Καλαμιώνες με Phragmites australis και Typha angustifolia (Corine 53.1) καταλαμβάνουν κυρίως το κεντρικό και το βορειοδυτικό τμήμα του υγροτόπου. Λόχμες αρμυρικιών (τύπος οικοτόπου 92D0) αναπτύσσονται στις όχθες των καναλιών και τις εκβολές σε όλον τον υγρότοπο και ιδιαίτερα στο κανάλι της Μακαρίας πηγής, στην περιοχή του πρώην αεροδρομίου, με Tamarix tetrandra (κυρίως στα ανατολικά) και Tamarix hampeana (κυρίως στα δυτικά). Οι δύο οικότοποι σχηματίζουν μωσαϊκά ανάμιξης στο βορειοδυτικό άκρο. Η κατασκευή του Ολυμπιακού Κέντρου Κωπηλασίας - Κανό  μείωσε την επιφάνεια κάλυψης καλαμιώνων στα δυτικά. Με τη βελτίωση, όμως, της ποιότητας και της ποσότητας του νερού που θα εισρεύσει στον βιότοπο στο μέλλον αναμένεται τελικώς να υπάρξει σημαντική αύξηση αυτών των ενδιαιτημάτων σε βάρος της αλοφυτικής βλάστησης.
         
Ενδιαιτήματα (ενδιαίτημα:οικότοπος-habitat),τόπος που ζει και συνήθως αναπαράγεται ένα είδος, ένας πληθυσμός ή μία βιοκοινότητα και χαρακτηρίζεται από συγκεκριμένες συνθήκες) γλυκού νερού αναπτύσσονται στην Μακαριά πηγή και κατά μήκος του τεχνητού καναλιού αποστράγγισης. Σε στάσιμα νερά που δημιουργούν μικρό τέλμα στην περιοχή Μάτι (Μακαριά πηγή) συναντάται βλάστηση Magnopotamion με Potamogeton nodosus (τύπος οικοτόπου 3150). Σε σημεία αργής ροής στο κανάλι απαντώνται επιπλέουσες φυτοκοινωνίες με Apion nodiflori (τύπος οικοτόπου 3260) και βενθικό στρώμα με Chara (τύπος οικοτόπου 3140 που περιλαμβάνεται στον 3260). Κοντά στις εκβολές η ροή δεν είναι μόνιμη και εκεί αναπτύσσονται Potamogeton pectinatus και Nasturtium officinale (τύπος οικοτόπου 3290).
         
Τυπικές φυτοκοινωνίες του τύπου οικοτόπου "Μεσογειακά εποχιακά τέλματα"(μεσογειακά εποχιακά τέλματα=τμήματα ρευμάτων ύδατος φυσική ή ημιφυσικής ροής-μικρές,μέσου μεγέθους και μεγάλες κοίτες-των οποίων η ποιότητα του ύδατος δεν εμφανίζει σημαντική αλλοίωση) (3170) δεν έχουν εντοπιστεί στον υγρότοπο. Μικρά εποχιακά τέλματα δημιουργούνται κοντά στη Μακαριά και σε ορισμένα άλλα σημεία, κυρίως προς τα δυτικά, αλλά δεν παρατηρήθηκαν οι τυπικές φυτοκοινωνίες Isoeto-Nanojuncetea. Μια μικρή «κηλίδα» ποώδους βλάστσησης με χαρακτηριστικά είδη τα Crassula sp. και Herniaria hirsuta εντοπίσθηκε στις παρυφές του δρόμου δυτικά του δάσους της καουκουναριάς σε αμμώδες υπόστρωμα εποχιακά πλημμυρισμένο. Ακόμη, μικρές κοινότητες με παρουσία των ειδών Juncus bufonius, Poa annua, Plantago coronopus παρατηρούνται μεταξύ διαπλάσεων θαλασσόκεδρου στις υπώρειες της Δρακονέρας. Αυτές οι κοινότητες με την παρουσία ειδών Isoeto-Nanojuncetea θα μπορούσαν να θεωρηθούν ως τύπος οικοτόπου «μεσογειακά εποχιακά τέλματα» (3170), αλλά η αντιπροσωπευτικότητά τους θα ήταν ασήμαντη. Άλλα χαρακτηριστικά είδη αυτής της συνομοταξίας βλάστησης (όπως τα Juncus articulatus, Mentha pulegium, Serapias lingua, Centaurium pulchellum, Lotus angustissimus), δεν έχουν εντοπιστεί στην περιοχή.
         
Επίσης, θα πρέπει να αναφερθεί ότι υπάρχει σοβαρή πιθανότητα με την επικράτηση του νέου υδρολογικού καθεστώτος να αναπτυχθεί ένα πρόσθετο είδος οικοτόπου, και πιο συγκεκριμένα τα υγρά λιβάδια (6420). Αυτό θα συμβεί εάν οι καλαμιώνες δεν κυριαρχήσουν ολοκληρωτικά. Τυπικά είδη του ενδιαιτήματος αυτού απαντώνται ήδη στον υγρότοπο, συνεκδοχικά άλλων τύπων βλάστησης, αλλά το μέχρι τώρα ξηρικό καθεστώς δεν έχει επιτρέψει την δημιουργία αντίστοιχων κοινωνιών.
         
Τα παράκτια αμμώδη μέρη φιλοξενούν διαδοχικές ζώνες από αμμόφιλη βλάστηση. Σε μία ζώνη 50 μέτρων από τη θάλασσα υπάρχει μόνο γυμνή άμμος με χαλαρές φυτοκοινωνίες ακτογραμμής με Cakile maritima, Matthiola tricuspidata, Salsola kali (τύπος οικοτόπου 1210), την οποία διαδέχεται μία λωρίδα χαμηλών εμβρυονικών αμμοθινών (τύπος οικοτόπου 2110) με Elytrigia juncea (=Elymus farctus), Eryngium maritimum, Medicago marina. Είδη όπως τα Pseudorlaya pumila, Lotus halophilus, Allium staticiforme, Rhagadiolus stellatus, Silène colorara, συνεισφέρουν σ' αυτές τις αμμόφιλες κοινωνίες. Στα δυτικά, εγγύτερα στις εκβολές του καναλιού της Μακαρίας και μπροστά από την κατοικημένη περιοχή η δομή των αμμοθινών είναι ακόμη πιο υποβαθμισμένη κι εκεί αναπτύσσονται αμμόφιλες κοινωνίες με Cyperus capitatus και Sporobolus pungens, καθώς και ένα χαμηλό μέτωπο αμμοθινών με Centaurea spinosa.
         
Πίσω από τη λωρίδα αυτή και κατά μήκος ολόκληρης της ακτής υπάρχουν χαμηλές, σταθεροποιημένες αμμοθίνες δασωμένες με Pinus pinea στα δυτικά και Pinus halepensis στα ανατολικά (τα δύο είδη πεύκης αναμειγνύονται προς το μέσο). Ο υπόροφος αποτελείται από είδη μακίας, κυρίως Pistacia lentiscus, καθώς επίσης και Quercus coccifera, Juniperus phoenicea, Myrtus communis, Rhamnus alaternus, Rubia peregrina, Ruscus aculeatus, Smilax aspera, Asparagus acutifolius και φρυγανική βλάστηση, όπως Helichrysum stoechas, Phagnalon graecum, Anthyllis hermaniae, Cistus incanus, C. salvifolius, Coridothymus capitatus. To στρώμα της χλόης περιλαμβάνει είδη όπως τα Cyclamen hederifolium, C. graecum, Ophrys lutea, Serapias lingua. Μια ζώνη στο βόρειο τμήμα του δάσους της Pinus pinea καλύπτεται από κοινότητες μικρού και μετρίου ύψους που κυριαρχεί η Pistacia lentiscus (τύπος οικοτόπου 2260). Θεροφυτικές κοινωνίες με Alkanna tinctoria, Brassica tournefortii, Tuberaria guttata, Cynosurus echinatus, Aira elegantissima, Lagurus ovatus, Hypochaeris achyrophorus, Daucus guttatus, Asterolinon linum-stellatum αναπτύσσονται σε ξέφωτα και κατά τόπους ανοίγματα του δάσους, ειδικά στο βόρειο μέρος αυτού (τύπος οικοτόπου 2240). Ετήσια βλάστηση Malcolmietalia (τύπος οικοτόπου 2230) με κυριαρχία των ειδών Silène colorata, Anthémis tomentosa, Medicago littoralis αναπτύσσονται σε ανοιχτές επίπεδες περιοχές σταθεροποιημένης άμμου στο δυτικό τμήμα της περιοχής των αμμοθινών. Στην πλησιέστερη προς τον υγρότοπο και πιο διαταραγμένη περιοχή αναπτύσσεται βλάστηση αγροστωδών με συνανθρωπικά είδη Stellarietea mediae σε βάρος της τυπικής βλάστησης των αμμοθινών. Μοναχικά άτομα Juniperus oxucedrus ssp. macrocarpa και μικρές συστάδες Pinus pinea αναπτύσσονται σε αυτές τις περιοχές.
Σε μία στενή λωρίδα ανάμεσα στις εμβρυονικές αμμοθίνες και το δάσος απαντώνται μικρές συστάδες από Juniperus oxycedrus ssp. macrocarpa (τύπος οικοτόπου 2250) με Pistacia lentiscus. Κατά πάσα πιθανότητα αποτελούν απομεινάρια από προηγούμενες προ-αμμοθινικές καλώς ανεπτυγμένες κοινωνίες του τύπου που απαντώνται και αλλού στο Αιγαίο.
         
Η χερσόνησος της Κυνοσούρας καλύπτεται στο μεγαλύτερο μέρος της με μακία βλάστηση(Τα MAQUIS ή αλλιώς μακία βλάστηση περιλαμβάνουν όλη τη θαμνώδη (φρύγανα) χαρακτηριστική βλάστηση που απαντάται στα ξηρά Μεσογειακά κλίματα. Οι λαοί των περιοχών αυτών έχουν κάποια κοινά πολιτισμικά χαρακτηριστικά σε σχέση με την αξιοποίηση των βοτάνων σε σχέση με τις ιαματικές και αρωματικές ιδιότητές τους)., μέσου έως μεγάλου ύψους, διάσπαρτη αλλά πολλή πυκνή. Η Juniperus phoenicea (τύπος οικοτόπου 5212) είναι κυρίαρχο είδος, ενώ άλλα είδη θαμνώδους βλάστησης που συμμετέχουν είναι τα Pistacia lentiscus, P. terebinthus, Ceratonia siliqua, Olea europaea L. ssp. oleaster, Ephedra foemina, Quercus coccifera, Rhamnus alaternus, Calicotome villosa, Prunus webbii, Prasium majus. To στρώμα της χλόης στα ανοίγματα που δημιουργούνται περιλαμβάνει πλήθος από θερόφυτα, αγρωστώδη, γεώφυτα, μεταξύ των οποίων και το ενδημικό Fritillaria obliqua, το Scorzonera crocifolia και κάποιες ορχιδέες. Φρύγανα Satureja Juliana, S. nervosa, S. graeca, Euphorbia acanthothamnos, H. stoechas, Phagnalon graecum, Coridothymus capitatus, Teucrium capitatum, T. divaricatum αναπτύσσονται στον υπόροφο και σε ανοίγματα της μακίας, κυρίως στο δυτικό τμήμα. Σε ανοικτά βραχώδη τμήματα με ογκόλιθους, στο τόξο που σχηματίζει το ακρωτήριο, καθώς επίσης και σε μερικές πλαγιές, η Euphorbia dendroides είναι το κυρίαρχο είδος, συνοδευόμενη από Anagyris foetida, Phlomis fruticosa, Ephedra foemina (τύπος οικοτόπου 5331). Στις ίδιες περιοχές, χασμοφυτικές κοινωνίες (τύπος οικοτόπου 8216) με Asplenium cetarach, Cheilanthes acrostica, Cosentinia vellea, Umbilicus rupestris αναπτύσσονται στις βραχώδεις χαραμάδες. Οι θαμνώνες καλύπτουν τις απότομες πλαγιές σε όλη τους την πορεία μέχρι τη θάλασσα, ενώ σε ορισμένα σημεία συναντάει κανείς μικρές χασμοφυτικές κοινωνίες με Malcolmia maritima, Limonium graecum, Silène sedoides, Lotus cytisoides, Paraphons incurva (τύπος οικοτόπου 1240).
         
Διαπλάσεις κέδρων ανάλογης σύνθεσης, αλλά πιο χαμηλού ύψους και περισσότερο αραιές (λόγω πυρκαγιών και βόσκησης), καλύπτουν το λόφο της Δρακονέρας. Χασμοφυτική βλάστηση καλής αντιπροσωπευτικότητας αναπτύσσεται σε μικρή έκταση σε βραχώδη πλαγιά κοντά στην κορυφογραμμή. Περιοχές με θεροφυτική βλάστηση (TheroBrachypodietea, τύπος οικοτόπου 6220) παρατηρούνται σε σε ανοίγματα των θάμνων. Σε επίπεδες, όμως, περιοχές στους πρόποδες του λόφου εμφανίζονται είδη Stellarietea και Artemisetea προφανώς λόγω της βόσκησης.